在1587年6月19日，紧随九州征伐胜利后，日本历史上又发生了一件重大事件——丰臣秀吉发布了“伴天连追放令”（即驱逐神父令）。其中“伴天连”是日语中“神父”一词的汉字写法。这项命令由丰臣秀吉发布，目标是驱逐日本国内所有的神父，并打压基督教的传播。

　　那么，是什么原因促使丰臣秀吉决定驱逐神父并压制基督教呢？这要追溯到一位西班牙人——依纳爵（Ignatius），他来自一个小贵族家庭。年轻时，他周游四方。1524年，33岁的依纳爵在巴塞罗那学习，并利用业余时间和他人探讨宗教问题。随后，他转学至巴黎大学深造。

　　在1534年，依纳爵从巴黎大学毕业并获得了硕士学位，在那里他结识了六位志同道合的朋友，其中有一位叫沙勿略，这位朋友后来成为了著名的九州大名大友宗麟的朋友。1537年，依纳爵和他的六个朋友共同创立了“耶稣会”，其宗旨是拯救世界各地的灵魂，愿意前往任何地方传播信仰。

　　1540年9月27日，教皇保罗三世批准了耶稣会的成立，并将其总部设在罗马。1541年，依纳爵被任命为耶稣会的会长。耶稣会的兴起与当时的教皇紧密相连，因为自从马丁·路德公开质疑罗马教廷和天主教的教义后，新教在欧洲崛起，成为对罗马教廷的严重威胁。为了应对这一威胁，天主教开始将目光投向新大陆、印度、中国乃至日本，传播天主教。

　　耶稣会的创始人之一沙勿略，于1549年抵达日本南部的鹿儿岛，他的目标是传播基督教。然而，由于身无分文、缺乏人脉，沙勿略未能见到日本天皇，也未能获得在全国范围内的布道许可。尽管如此，他在日本两年的传教活动中仍然发展了500多名信徒，然而大多数信徒是被沙勿略带来的先进天文知识和自然科学所吸引，而非基督教教义本身。

　　沙勿略在给依纳爵的信中写道：“日本人是我所见过的最优秀的民族，在非基督教的国家中，再也找不到像日本这样的民族。”虽然沙勿略对日本人持高度评价，但他最终未能实现他的目标。1551年11月，沙勿略离开日本返回印度，之后他计划前往中国，但由于明朝政府禁止外来人员进入内地，他只能偷渡。1552年8月，沙勿略到达广东的川岛，并在岛上逗留，然而他并未能进入中国大陆，直到11月21日，由于突发疾病，沙勿略去世，年仅46岁。

　　随着沙勿略的离世，耶稣会的事业继续发展，到1556年时，耶稣会已经从最初的7人发展到1000人的规模，并在欧洲、巴西、印度等地建立了12个分支机构。今天上海的徐家汇天主教堂便以依纳爵的名字命名为“圣依纳爵大教堂”。

　　随著葡萄牙人引入火枪，日本与欧洲各国的贸易日益密切，基督教也随之在日本传播。许多大名信奉基督教，不仅是出于对基督教义的认同，还与贸易利益密切相关，如大友宗麟、大村纯忠和有马晴信等。

　　1579年，意大利人范礼安被任命为耶稣会日本分会的会长。他来到日本后，逐渐认识到传教面临的最大困难是日本人深受神道教和佛教的影响，因此，耶稣会成员在传教过程中必须学习日语，适应日本的饮食和社会习惯，甚至在传教过程中采用佛教的术语，并将天主教与佛教相类比，这种策略有效地增加了信徒数量。

　　到1582年，基督教信徒数量激增，甚至出现了三位大名派遣少年使团前往罗马朝圣的事件。耶稣会的影响力也逐渐增大。然而，1581年，葡萄牙人加斯帕尔·科埃略被提升为耶稣会日本分会的副会长。他对日本的信仰基督教的大名数量表示担忧，并向西班牙菲律宾总督提出建议，建议派遣舰队与日本的基督教大名联合，统一日本，甚至将日本变为基督教国家。

　　1586年5月4日，科埃略在大阪城见到了丰臣秀吉，秀吉对他透露了自己即将征伐朝鲜和明国的计划，并提到如果西班牙为他提供战舰，他将允许耶稣会在朝鲜和中国传教。这一提议令秀吉和科埃略的关系更为密切，但科埃略的一些言论和行为引起了秀吉的警觉。